ولد في الإسكندرية عام ١٩٢٥ من أسرة عمالية، وأنهى دراسته الجامعية بكلية الحقوق بجامعة الإسكندرية عام ١٩٤٥. كان تفوقه سبباً في إيفاده ببعثة دراسية إلى فرنسا حيث حصل على الدكتوراه من جامعة السوربون في الاقتصاد السياسي.
في فرنسا كان على صلة بالحزب الشيوعي الفرنسي، وجماعة المصريين الدارسين هناك، وعند عودته حاصلاً على الدكتوراه عام ١٩٤٩ عمل على تجميع بقايا الحلقات الماركسية التي نجت من حملات القمع والاعتقال والسجن عامي ١٩٤٨ و ١٩٤٩، وأسس شهر كانون الأول عام ١٩٤٩ الحزب الشيوعي المصري (الراية) الذي عرف باسم جريدته “راية الشعب” وكانت نشرته الداخلية تعرف باسم “الحقيقة”.
ظل منخرطاً في العمل السري وهو يعمل بالجامعة مدرساً وأستاذاً مساعداً حتى ٨ كانون الثاني/يناير ١٩٥٨عندما تم توحيد الحركة الشيوعية المصرية بمنظماتها المختلفة تحت اسم “الحزب الشيوعي المصري” حيث أصبح في قيادة الحزب.
في ١ كانون الثاني/يناير ١٩٥٩ اعتقل ودخل السجن حيث عذب الشيوعيون فيما بين تشرين الثاني/نوفمبر ١٩٥٩ وحزيران/يونيو ١٩٦٠ تعذيباً وحشياً، وتم نفيهم إلى سجن الواحات في أقصى جنوب مصر حتى أفرج عنهم في أيار/مايو ١٩٦٤. في فبراير ١٩٧١ عين رئيساً للبنك الصناعي.
في أيلول/سبتمبر ١٩٧١ عين عضواً في مجلس إدارة البنك المركزي المصري. في كانون الثاني/يناير ١٩٧٢ عين وزيراً للتموين والتجارة الداخلية في الوزارة التي رأسها عزيز صدقي لكنه قدم استقالته من الوزارة في آذار/مارس ١٩٧٣ وبعدها استقالت الحكومة.
اشترك فؤاد مرسي عام ١٩٧٦ في تأسيس حزب “التجمع” وخاض العديد من المعارك ضد حكم السادات وسياسته المهادنة مع اسرائيل وضد توجهاته الرامية إلى بيع القطاع العام وغيرها من المعارك، إلى أن تم القبض عليه مع مجموعات المعارضة في اعتقالات أيلول/سبتمبر ١٩٨١ الشهيرة والتي اغتيل السادات على إثرها في ٦ تشرين الأول/أكتوبر ١٩٨١ ومن ثم تم الإفراج بعد ذلك عن السجناء المعارضين من معتقلي أيلول/سبتمبر ١٩٨١.
له دراستان في الاشتراكية إحداهما بعنوان “حتمية الحل الاشتراكي” والثانية بعنوان “رأس المال لكارل ماركس” وتعتبر تمهيدا لقراءة “رأس المال”. أثرى المكتبة العربية بالعديد من الأبحاث لعل من أهمها كتابه الأخيرة “الرأسمالية تجدد نفسها” الصادر في عام ١٩٩٠.
توفي في حادث سير بتاريخ ١٣ أيلول/سبتمبر ١٩٩٠.